药物所科研成果竞相绽放，截止2020年底，作为第一完成单位获得院校级以上科技奖励共计208项，包括国际及国家级奖31项，全国科学大会奖32项，全国医药卫生科学大会奖31项，省部级奖87项，社会力量奖27项。为保障人民健康和推动药学事业的发展作出重要的贡献，并取得了巨大的经济和社会效益。

此外，药物所与兄弟企事业单位团结合作，合作项目成果丰硕，参与并获得的各级别科技奖励51项。