药物所十分注重科学传播，出版了一系列专著，推动了科技创新。建所至2020年底，出版专著372部，其中主编142部（含副主编），主译16部。主编的不少专著还获得各等级奖励，如《核磁共振》、《中药志》、《全国中草药汇编》、《抗菌素生物理化特性》、《同位素技术及其在生物医学中的应用》获得1978年全国科学大会奖。《中草药现代研究（第一、二、三卷）》获1998年卫生部科学技术进步一等奖；《肿瘤化学预防及药物治疗》获1996年卫生部科学技术进步二等奖；《纸色谱和薄层色谱》获1996年卫生部科学技术进步三等奖；《药物化学总论》获1996年卫生部科学技术进步三等奖，及1996年国家医药管理局优秀教材二等奖；《抗癌药物研究与实验技术》获1999年卫生部科学技术进步三等奖；《当代药理学》获1997年北京市科学技术进步三等奖。
主编： 陈晓光
副主编：李燕
出版社：中国协和医科大学出版社
出版年份：2004
主编： 于德泉，吴毓林
副主编：
出版社：化学工业出版社
出版年份：2005
主编： 方起程
副主编：
出版社：中国协和医科大学出版社
出版年份：2006
主编： 郭宗儒
副主编：
出版社：科学出版社
出版年份：2010
主编： 杜冠华，李学军，张永祥
副主编：张均田，林志彬（主审）
出版社：科学出版社
出版年份：2001
主编： 陈晓光
副主编：郭颖
出版社：中国协和医科大学出版社
出版年份：2012
主编： 杜冠华（译）
副主编：申竹芳，刘艾林，毕明刚，杜冠华，陈乃宏(审校)
出版社：人民卫生出版社
出版年份：2009
主编： 张均田，杜冠华
副主编：陈乃宏，杜冠华，盛树力，吴葆杰，张均田，章静波
出版社：中国协和医科大学出版社
出版年份：2012
主编： 杜冠华
副主编：陈乃宏，陈忠，方莲花，李晓辉，刘培庆，吕扬，秦雪梅，王金华，张永鹤
出版社：高教出版社
出版年份：2021
主编： 秦海林，于德泉
副主编：邓安珺，晏仁义，张庆建
出版社：化学工业出版社
出版年份：2011
主编： 杜冠华
副主编：方莲花，吕扬，陈乃宏，王金华，秦雪梅
出版社：人民卫生出版社
出版年份：2018
主编： 再帕尔·阿不力孜
副主编：
出版社：化学工业出版社
出版年份：2010
主编： 杜冠华
副主编：张莉，张均田 (主审)
出版社：中国协和医科大学出版社
出版年份：2004
主编： 庾石山
副主编：
出版社：化学工业出版社
出版年份：2008
主编： 陈乃宏
副主编：张均田
出版社：中国协和医科大学出版社
出版年份：2012
主编： 石建功
副主编：甘茂罗
出版社：化学工业出版社
出版年份：2010
主编： 吕 扬 ，杜冠华
副主编：郑启泰（顾问）
出版社：人民卫生出版社
出版年份：2009
主编： 张东明
副主编：
出版社：化学工业出版社
出版年份：2009
主编： 秦海林，于德泉
副主编：邓安珺
出版社：化学工业出版社
出版年份：2016
主编： 于德泉，杨峻山
副主编：
出版社：化学工业出版社
出版年份：1999
主编： 张均田，杜冠华
副主编：
出版社：Chemical Industry Press
出版年份：2013
