2010  年底，科技部开展依托高校和科研院所新建国家重点实验室的遴选工作，经过现场考察和多轮答辩评审，药物研究所申报的“天然活性物质与功能国家重点实验室”已于近期获得批准筹建。

“天然药物活性物质与功能国家重点实验室”在“中草药物质基础与资源利用教育部重点实验室”和“天然药物生物合成卫生部重点实验室”及国家药学一级重点学科的基础上筹建。近五年，上述实验室和重点学科承担国家重大和重点项目90余项，并以中药新药发现、药效学评价和高效筛选等平台为重要技术支撑，在天然药物主要是常用中药的微量药效物质、有毒药用植物的活性物质及其功能研究方面取得突出进展。  研究成果得到国内外同行的高度认同、评价和追踪研究，有19个结构新颖的化合物被国际著名期刊  Nat. Prod. Rep.  遴选为热点报道和热点天然产物分子，在国内相关重点研究单位处于前列；通过对活性物质深入的结构优化、功能研究和安全性评价，完成了4个I类新药的临床前研究，获得了3个I类新药临床研究批件，  尚有十余个创新药物分别处于临床前或候选药物研究阶段  ，在基于天然药物活性物质与功能的创新药物研究方面名列前茅  。

“天然药物活性物质与功能国家重点实验室（筹）”将围绕国家重点发展规划和目标，整合优势资源，明确研究方向和内容，以天然药物活性物质与功能研究为核心，基于天然药物的传统用药经验及现代医药研究领域多学科的新进展，引入新思路、新技术和新方法，在诠释天然药物活性物质作用的科学内涵的同时，深入开展创新药物的前沿基础研究，创制具有国际竞争力的新药。组织高水平基础和应用基础研究，引领国内外天然药物活性物质与功能的研究方向，促进新兴和交叉学科的形成，推动以天然药物为代表的传统药学的创新和发展。并将进一步强化基础条件建设，创造一流的科研条件，打造具有国际影响力的研究团队，使实验室成为开展天然药物活性物质与功能研究的国际示范基地。

国家重点实验室是依托大学和科研院所建设的科研实体，实行相对独立的管理机制和“开放、流动、联合、竞争”的运行机制。作为国家科技创新体系的重要组成部分，“天然药物活性物质与功能国家重点实验室（筹）”的建设对“十二五”期间药物研究所的全面发展具有非常重要的战略意义。实验室以基础和应用基础研究为核心内容，是开发具有国际竞争力的创新药物的基础，它的建设将带动药学前沿基础研究的快速发展，解决药物研究上游创新这一关键问题，从而为创新药物开发及产业化做好铺垫。药物研究所将以此为契机，综合布署，统筹安排，力争在十二五期间取得突破性进展。