2017年9月22日，北京协和医学院举行建校一百周年纪念大会，中共中央政治局常委、国务院总理李克强，中共中央政治局委员、国务院副总理刘延东作重要批示，全国人大常委会副委员长陈竺出席纪念大会并发表讲话。
受国家卫生计生委李斌主任委托，马晓伟、曾益新副主任出席了纪念大会。马晓伟副主任在会上宣读了李克强总理和刘延东副总理的批示。李克强总理批示要求北京协和医学院努力培养更多优秀医学人才，攻克更多医学难关，为更好服务广大人民群众、建设健康中国做出新贡献。刘延东副总理批示希望北京协和医学院传承优良传统和作风，努力建设世界一流学科，推进医教研协同发展。陈竺副委员长在讲话中对北京协和医学院提出三点希望：一是希望协和医学院以人民健康需求为遵循，加强全科等短缺人才培养力度；二是要以新时期卫生与健康工作方针为指导，在新时代弘扬协和的优良传统；三是要发挥对外交流合作优势，为全球健康治理贡献中国智慧。
北京协和医学院校长曹雪涛代表全体师生表示，领导同志的重要批示和讲话，为北京协和医学院的发展进一步指明了方向，提出了要求，广大师生要认真贯彻落实到具体行动当中，继续深化改革，锐意进取，传承卓越，引领创新，不负国家的重托和人民的厚望，为建设健康中国再立新功。
纪念大会为北京协和医学院“一级教授”“医学教育终身成就奖”和“突出贡献奖”获得者颁发了荣誉证书和奖金，以表彰他们为院校教育工作做出的巨大贡献。
教育部、科技部、财政部、食品药品监管总局、中医药局负责同志以及国内外高校负责同志，专家代表，国际友人代表及国内外校友和师生代表共计2000余人参加了纪念大会。
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