2010年，教育部组织对生命科学领域的59个教育部重点实验室进行了评估，中国医学科学院药物研究所和药用植物研究所承建的“中草药物质基础与资源利用”教育部重点实验室在研究方向、实验环境和条件、人才队伍、管理体制与运行机制、对外开放与交流等方面的建设取得了明显进展，最终凭借雄厚的整体实力被评为生物医药组唯一的优秀类实验室。
“中草药物质基础与资源利用”教育部重点实验室自运行以来，秉承“开放、流动、联合、竞争”的方针，面向科学发展前沿，紧密结合区域发展和国家重大需求，突出特色，努力开展科技创新研究。近五年，承担了包括“重大新药创制”科技重大专项在内的100多项国家级研究课题，通过基础与应用研究相结合，在中草药资源的理论和技术创新、中草药种子资源库建立与资源保护、中草药药效物质基础研究以及基于中药药效物质的创新药物研发等方面取得了显著的成绩。相关研究在国内外处于领先地位。同时，实验室重视人才队伍建设和高层次人才的培养和引进，以项目促进实验室开放和共享，建立完整的管理制度和运行规范。经专家组评审，该实验室已基本达到国家重点实验室的要求。
专家评估充分肯定了实验室五年来取得的成绩，对其未来发展也提出更高的要求。实验室将在所领导班子的带领和全体科研人员的努力下再接再厉，进一步加强学科之间的交叉与合作，凝练前瞻性研究方向，尤其是加强探索前沿科学问题的布局。同时进一步提高实验室的对外开放程度，加强与国内外高水平科学家和科研机构的实质性合作，增强实验室的辐射带动作用，为中国医药事业的发展做出更大的贡献。
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