北京市科学技术奖为北京市人民政府设立的重点奖励本市行政区域内对科学技术创新和发展做出突出贡献的组织和个人的奖项。
2011年4月28日下午北京市委、市政府隆重召开2009年度北京市科学技术奖励大会。中共中央政治局委员、北京市委书记刘淇，北京市委副书记、市长郭金龙等领导出席大会并为获奖代表颁奖。药物所2009年度申报北京市科学技术奖的4项成果均获奖，其中“人参皂苷Rg1的多靶点作用和机制分析”、“新型高通量药物筛选用蛋白质芯片技术的研究与应用”、“中草药中低聚茋类成分的化学和药理研究”项目荣获北京市科学技术二等奖，“以α葡萄糖苷酶为靶点发现和诠释中草药治疗糖尿病作用及其机理”项目荣获北京市科学技术三等奖。
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