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副研究员

夏杰

职 称:副研究员

所属科室:新药开发研究室

导师类别:硕士生导师

联系方式:jie.william.xia@hotmail.com

所属重点实验室:天然药物活性物质与功能国家重点实验室

个人简介

夏杰,江苏苏州人,现任职于中国医学科学院/北京协和医学院药物研究所,副研究员、硕士生导师、五级课题组长。2015年毕业于北京大学药学院,获药物化学专业博士学位(导师:张亮仁教授)。2012-2014作为公派联合培养博士生在美国华盛顿哥伦比亚特区AIDS研究中心(DC CFAR)学习分子信息学与计算机科学。主要从事药物先导结构的发现与优化,方向为计算机辅助药物设计和人工智能药物设计的算法研究与应用实践,发展了MUBD和AutoMolDesigner等多种药物设计新方法,并发现了多个高质量的药物先导结构。已发表第一/通讯作者SCI论文20余篇,代表性论文发表于J. Chem. Inf. Model. (6篇)、Eur. J. Med. Chem.(3篇)等业界公认的分子信息学与药物化学专业期刊,其中3篇论文入选期刊封面论文、1篇ESI 高被引论文/他引过百论文;作为主要发明人(排名前3)获得授权发明专利6项,获得计算机软件著作权登记证书5项,参编著作1部;参与研发的治疗非酒精性肝炎候选药物IMM-H014已实现成果转化,并获临床批件;主持了国家自然科学基金面上/青年项目、科技部重大新药创制科技重大专项子任务、国家外国专家局项目等多个国家级科研项目;曾荣获第十一届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛国家级二等奖(个人作品)、国家留学奖学金等奖项。兼任《中国医药生物技术》杂志编委、《中国药物化学杂志》青年编委。

研究方向

1. 分子信息学与药物设计:虚拟筛选、计算机辅助药物设计的新方法
2. 药物先导结构发现与优化:非酒精性脂肪肝病、耐药细菌感染等的治疗药物研究

发表论文

全部论文:OCRID: https://orcid.org/0000-0002-9567-3763
代表性论文:
研究方向一:分子信息学与药物设计(计算机化学)
1. Tao Shen, Shan Li, Xiang Simon Wang, Dongmei Wang*, Song Wu*, Jie Xia*, Liangren Zhang, Deep reinforcement learning enables better bias control in benchmark for virtual screening, Computers in Biology and Medicine, 2024, 171, 108165.
2. Tao Shen, Jiale Guo, Zunsheng Han, Gao Zhang, Qingxin Liu, Xinxin Si, Dongmei Wang*, Song Wu*, Jie Xia*. AutoMolDesigner for Antibiotic Discovery: An AI-Based Open-Source Software for Automated Design of Small-Molecule Antibiotics, Journal of Chemical Information and Modeling, 2024, 64(3): 575-583
3. Jie Xia#, Zhenyi Wang#, Yi Huan#, Wenjie Xue, Xing Wang, Yuxi Wang, Zhenming Liu, Jui-Hua Hsieh, Liangren Zhang, Song Wu*, Zhu-fang Shen*, Hongmin Zhang*, Xiang Simon Wang*, Pose Filter-based Ensemble Learning Enables Discovery of Orally Active, Nonsteroidal Farnesoid X Receptor Agonists, Journal of Chemical Information and Modeling, 2020, 60(3), 1202-1214.
4. Jie Xia, Jui-Hua Hsieh, Huabin Hu, Song Wu*, and Xiang Simon Wang*. The Development of Target-Specific Pose Filter Ensembles To Boost Ligand Enrichment for Structure-Based Virtual Screening, Journal of Chemical Information and Modeling, 2017, 57 (6), 1414–1425
5. Jie Xia, Hongwei Jin, Zhenming Liu, Liangren Zhang*, Xiang Simon Wang*, An unbiased method to build benchmarking sets for ligand-based virtual screening and its application to GPCRs, Journal of Chemical Information and Modeling, 2014, 54(5): 1433-1450.
研究方向二:先导结构发现与优化(合成药物化学)
1. Tong Qin#, Xuefeng Gao#, Lei Lei, Jing Feng, Wenxuan Zhang, Yuhua Hu, Zhufang Shen, Zhenming Liu, Yi Huan*, Song Wu*, Jie Xia*, Liangren Zhang, Machine learning- and structure-based discovery of a novel chemotype as FXR agonists for potential treatment of nonalcoholic fatty liver disease. European Journal of Medicinal Chemistry, 2023, 252: 115307.
2. Tong Qin#, Xuefeng Gao#, Lei Lei, Wenxuan Zhang, Jing Feng, Xing Wang, Zhufang Shen, Zhenming Liu, Yi Huan*, Song Wu*, Jie Xia*, Liangren Zhang, Structural optimization and biological evaluation of 1-adamantylcarbonyl-4-phenylpiperazine derivatives as FXR agonists for NAFLD, European Journal of Medicinal Chemistry, 2023, 245: 114903.
3. Wenjie Xue, Xueyao Li, Guixing Ma, Hongmin Zhang, Ya Chen, Johannes Kirchmair, Jie Xia*, Song Wu*, N-Thiadiazole-4-Hydroxy-2-Quinolone-3-Carboxamides Bearing Heteroaromatic Rings as Novel Antibacterial Agents: Design, Synthesis, Biological Evaluation and Target Identification, European Journal of Medicinal Chemistry, 2020, 188:112022.
4. Xu Lian, Zhonghua Xia, Xueyao Li, Pavel Karpov, Hongwei Jin, Igor V. Tetko, Jie Xia*, Song Wu*, Anti-MRSA Drug Discovery by Ligand-based Virtual Screening and Biological Evaluation, Bioorganic Chemistry, 2021, 114: 105042.
5. Wenjie Xue, Jinlong Tian, Xiang Simon Wang, Jie Xia*, Song Wu*. Discovery of potent PTP1B inhibitors via structure-based drug design, synthesis and in vitro bioassay of Norathyriol derivatives. Bioorganic Chemistry, 2019, 86, 224-234.

专著

张亮仁主编,《常用计算机辅助药物设计软件教程》,中国医药科技出版社,2017,编委(第9章)

专利

1. 芳基或杂芳基取代的噻二唑类化合物及其抗菌用途,ZL201910672950.1
2. 芳基或杂芳基取代的喹喔啉-2,3-二胺类化合物及其抗菌用途,ZL202011130881.0
3. 4-肉桂基-3-羟基吡咯酮类化合物在制备糖尿病治疗药物中的应用,ZL202010882915.5
4. 软件著作权登记证书,基于深度生成模型的全新药物分子设计软件[简称: AutoMolDesigner] V1.0,2023SR1040550
5. 软件著作权登记证书,面向药物发现的最大无偏好性基准数据集计算软件[简称: MUBD-DecoyMaker] V3.0,2023SR0300248

科技奖励

2012-2014,国家留学奖学金,教育部国家留学基金管理委员会
2009,第十一届“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛二等奖,中国共产主义青年团中央委员会、中国科协、教育部、工业与信息化部、全国学联、北京市人民政府